Однажды юная любопытная рыбка Поньо, дочка морского колдуна и прекрасной богини, покинула подводное царство и отправилась понаблюдать за миром людей. По случайности Поньо попадает в стеклянную банку и оказывается на берегу, где ее находит пятилетний мальчик Сосуке, сын капитана рыболовецкого судна. Постепенно между детьми возникает крепкая привязанность, и Поньо понимает, что очень хочет стать человеком.
История о пятилетнем мальчике по имени Сосуке и принцессе золотых рыбок Поньо, которая мечтает стать человеком.