«Секретный фарватер», в отличие от большинства советских фильмов о ВОВ, показывает не столь популярные эпизоды морских сражений. В таких декорациях развернется детективный сюжет о тайном маршруте немцев и загадочной подводной лодке, которая по нему следует – без опознавательных знаков, с явно важным заданием. Распутывая ее след, главный герой обнаруживает тайную морскую «тропу», которую нацисты желают использовать в своих целях. Именно эту головоломку должен разгадать мужественный командир торпедного катера по имени Борис Шубин, и она не отпустит офицера и после победоносного завершения ВОВ. Сюжет протекает в двух временных линиях: 1944-1945 годах и уже после окончания войны.
В 1 серии «Секретного фарватер» флотский командир должен обеспечить транспортировку важного груза. В процессе выполнения этого задания юнга находит немецкий подводный маршрут. А сам офицер замечает странную подводную лодку, которой по всем данным там быть не должно.
Во 2 серии советскому командиру сильно везет. Ведь немцы принимают его за своего, что дает ему шанс не просто выжить, но и как-то добраться до своих. Более того, на борту нацистского подводного судна он замечает нечто интересное.
В 3 серии командир полон решимости не дать загадочной подлодке уйти. Однако война, как известно, опасное и непредсказуемое дело: любые планы может испортить ранение, смерть или даже ошибочные действия со стороны своих же.
В 4 серии минуло уже несколько лет после победоносного конца ВОВ. И сам Шубин, и бывший юнга идут по жизни своим собственным путем. Однако внезапно в жизни офицера вновь возникает тот остров и тот самый маршрут.
1944-й год. Год победоносного перелома в Великой Отечественной войне, но на Балтийском театре морских сражений пока тихо. Выполняя боевую задачу, командир торпедного катера Борис Шубин случайно обнаруживает секретный фарватер немецкой подводной лодки без опознавательных знаков. Непредвиденный случай забрасывает его на «Летучий голландец» и дает возможность приоткрыть завесу строжайшей тайны Третьего Рейха, которая ее окружает.